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viewport.style.height = "500px"
stage = {
let s = new NGL.Stage( "viewport" ,{ backgroundColor: "white" })
return s
};
schemeId = {
return NGL.ColormakerRegistry.addScheme(function (params) {
this.atomColor = function (atom) {
console.log(atom.resno)
//return colors[MEME_sites[atom.resno]]
return colors[FADE_sites_final[atom.resno]]
}
})
}
structure = {
const molecule = "rcsb://" + PDB_ID;
let str;
await stage.loadFile(molecule).then(d=>{
//d.addRepresentation("spacefill", {color: schemeId, sele: ':A and not (1570, 1529, 1537, 1509, 1542, 1501, 1568, 1572, 1508, 1569, 1522, 1523, 1528, 1535, 1536, 1541, 1573)' })
//trimer
d.addRepresentation("ribbon", {color: schemeId, sele: ' ( not NAG ) and ( not MAN) and ( not BMA) and ( not FUC)' })
//d.addRepresentation("spacefill", {color: schemeId, sele: ' ( not NAG ) and ( not MAN) and ( not BMA) and ( not FUC)' })
//d.addRepresentation("licorice", {color: schemeId, sele: ' ( not NAG ) and ( not MAN) and ( not BMA) and ( not FUC)' })
//d.addRepresentation("rope", {color: schemeId, sele: ' ( not NAG ) and ( not MAN) and ( not BMA) and ( not FUC)' })
// for the monomer
//d.addRepresentation("ribbon", {color: schemeId, sele: ':A ( not NAG ) and ( not MAN) and ( not BMA) and ( not FUC)' })
//d.addRepresentation("rope", {color: schemeId, sele: ':A ( not NAG ) and ( not MAN) and ( not BMA) and ( not FUC)' })
stage.viewerControls.orient([198.6495110586242, 29.693118869545152, -131.13213036584716, 0, 130.62415039811967, 12.804137998486846, 200.77930807035054, 0, 31.853543841431595, -237.68323017882327, -5.5658784416615745, 0, -209.26499938964844, -161.81900024414062, -211.32000732421875, 1]);
//stage.autoView();
stage.setSpin (false);
str = d;
})
return str;
}
stage.viewerControls.getOrientation()
NGL = require("https://cdn.rawgit.com/arose/ngl/v2.0.0-dev.37/dist/ngl.js")
import {text} from "@jashkenas/inputs"
// colors are indexed in order --> number site with label 0 correspends to 0-th color in array
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*/
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